Башкирский государственный заповедник (БГЗ) расположен в Бурзянском районе Республики Башкортостан, на отрогах Южного Урала.
Утвержден в 1930 г., после чего закрывался, с 1958 г. вновь функционирует. До 1986 г. состоял из 3 участков: Урал-Тау, Южного Крака и Прибельского. Последний в 1986 г. преобразован в самостоятельный заповедник - "Шульган-Таш". Общая площадь БГЗ составляет 49,6 тыс. га.
Рельеф заповедника горный. Вершины многих хребтов сглажены, выровнены и покрыты лесом. Сплошные лесные насаждения на склонах сменяются на вершинах южных склонов горными степями, большими и малыми полянами с богатым разнотравьем. В обоих участках рельеф имеет свои особенности.
Урал-Тау с высотами до 882 м над уровнем моря (у.м.) сложен в основном из кварцитов со значительным почвенным слоем на уплощенных вершинах. Склоны пологи, а разрезающие их долины речек и ручьев неглубоки и широки.
Восточнее Урал-Тау высится мощный массив Южный Крака. Здесь распространены изверженные породы - перидотиты и змеевики. Рельеф сильно и сложно изрезан, на вершинах имеет вид узких каменистых гребней высотой до 930 м. Центральная ось массива разделяет бассейны рек Каги и Южного Узяна и делится на ряд крутых отрогов с отвесными ущельями и глубокими долинами.
Климат заповедника в разных участках неодинаков, но в целом суров: морозы доходят до -45 градусов. В горах заморозки бывают и в летние месяцы. Погода сильно разнится по годам. Ледоход наблюдается в первой половине апреля, а к концу месяца сходит и снег, сохраняясь лишь на северных склонах гор. Осадков выпадает более 500 мм, максимум их приходится на летне-осенний период.
В заповеднике произрастает около 700 видов травянистых, кустарниковых и древесных растений. Травянистые сосново-лиственные леса встречаются в самой южной лесной подзоне. Здесь европейские леса вплотную подходят к уральско-сибирским лесам. Отсюда и различия в типах леса и составе древостоя. На большей части заповедника практически отсутствует дуб и очень мало липы.
На Урал-Тау леса сохранились довольно хорошо. Среди них встречаются крупные пятна полян, а в долинах рек - луга. В Южном Крака преобладают березово-сосновые и чистые сосновые леса, которые на склонах южных экспозиций и гребнях хребтов через редины переходят в горные каменистые степи, среди которых встречаются реликтовые степные формации с участием лука прямого (Allium strictum), лука косого (A. obliquum), полыни холодной (Artemisia frigida), василька сибирского (Sentaurea sibirica) и др. Окаймляются степи вейниково-ракитниковыми, сосново-березово-лиственничными лесами с люпинолистным клевером (Trifolium lupinaster), вейником, коротконожкой, легочницей, наперстянкой крупноцветковой (Digitalis grandiflora), сон-травой (Pulsatilla patens) в травяном покрове. Ниже, на более увлажненных склонах с более богатыми почвами, лиственницы становится меньше. Здесь обычен аконитово-снытевый и сосново-березовый лес.
Климат, рельеф и особенности растительного покрова обуславливают видовое разнообразие животного мира. В заповеднике обитает 51 вид млекопитающих и 155 видов птиц, ряд видов пресмыкающихся, земноводных и рыб.
Среди ихтиофауны много краснокнижных видов: хариус европейский (Thymallus thymallus), таймень (Hucho taimen), ручьевая форель (Salmo trutta morpha fario). Последний вид особенно обилен в ручьях Малый и Большой Апшак.
Из птиц в летнее время часто встречаются белая трясогузка (Motacilla alba), дрозды: рябинник (Turdus pilaris) и черный (T. merula), глухая (Cuculus saturatus) и обыкновенная (C. canorus) кукушки, вальдшнеп (Scolopax rusticola). На речках гнездятся большие крохали (Mergus merganser). В то же время из года в год сокращается численность серых журавлей (Grus grus), трехпалого дятла (Picoides tridactylus) и осоеда (Pernis apivorus). В заповеднике обитает очень интересная птица обыкновенная оляпка (Cinclus cinclus), питающаяся водными насекомыми и их личинками, которых добывает на дне реки ныряя. Зимой птичье население резко сокращается. Обычными становятся большая синица (Parus major), пестрый дятел (Dendrocopus major), обыкновенный поползень (Sitta europea), а в годы урожая шишек и клесты (Loxia curvirostra). В лесах заповедника много дичи - глухарей (Tetrao urogallus), рябчиков (Tetrastes bonasia) и тетеревов (Lyrurus tetrax).
Фауна. В понижениях микрорельефа, в поймах рек и речек встречаются кроты (Talpa europea), почти повсеместны рыжая (Cletrhrionomys glareolus) и красная полевки (C. rutilis), белки - обыкновенная (Sciurus vulgaris) и летяга (Pteromis volans). Обычны такие звери как заяц-беляк (Lepus timidus) и лисица (Vulpes vulpes), енотовидная собака (Nyctereutes procyonoides). Невелика в БГЗ численность косули (Capreolus capreolus) и колонка (Mustela sibirica). В то же время лесных куниц (Martes martes), маралов (Cervus elaphus), лосей (Alces alces), медведей (Ursus arctos) и рысей (Felis lynx) со времени организации заповедника стало заметно больше. Это связано с хорошей кормовой базой этих зверей. Они не только полностью освоили угодья заповедника, но и перемещаются за пределы заповедника. Но численность многих животных нестабильна. Это в первую очередь зависит от изменчивости погодно-климатических условий. В сильные морозы, когда земля промерзает на большую глубину, а речки - до дна, вызывая наледи и даже затопление пойм, наблюдается массовая гибель кротов и многих беспозвоночных. Глубокие снега затрудняют передвижение маралов и косуль, поэтому они часто становятся добычей волков (Canis lupus).
В лесах заповедника еще встречается дикая башкирская бортевая пчела (Apis mellifera). Она привлекает внимание специалистов своей неприхотливостью и высокой зимостойкостью.
Богата энотомофауна заповедника. Здесь встречаются такие редкие виды насекомых как: ручейник бабочковидный (Semblis phalaenoides), махаон (Papilio machaon), аполлон (Parnassius apollo), черный аполлон (P. meumosyne), павлиноглазка малая (Eudia pavonia), слепой бражник (Smerinthus coecus) и др. Из энтомофауны заповедника особо следует выделить иксодовых клещей, вызывающих клещевой энцефалит. Значительный вред лесам заповедника причиняют непарный и кедровый шелкопряды, а также монашенка. Обильно представлена здесь также фауна кровососов - слепней, комаров, мошек.
Основное направление научных исследований заповедника - комплексное изучение природных экосистем западных склонов Южного Урала. Большое место занимают работы по организации и ведению стационарных наблюдений за ходом естественных процессов для последующего прогнозирования сукцессий. Изучаются ценные и редкие виды растений и животных в сравнительно экологическом аспекте.
Несмотря на усилия сотрудников по организации строгой охраны заповедника природный комплекс БГЗ по-прежнему находится в критическом состоянии. Под угрозой полной деградации находится долинный комплекс второго по величине водотока - реки Саргая. Возникает острая необходимость не только выноса пастбищ за пределы заповедной территории, но и организации экспериментального культурного пастбища для определения агротехнических мероприятий как в целях восстановления поврежденных лугов, так и в целях обеспечения повышения продуктивности кормовых угодий района